目的 评价宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)应用于不同的临床标本对于肺结核(pulmonary tuberculosis,PTB)的诊断价值。方法 计算机检索PubMed、Embase、The Cochrane Library、知网(CNKI)、万方和维普等数据库中于建库至2022年11月公开发表的宏基因组二代测序技术诊断PTB的相关研究,获得的文献经过严格筛选和质量评估,由2名研究人员独立筛选文献, 提取数据,并评估纳入研究偏倚风险之后,采用StataSE16软件和Revman5.3软件进行meta分析。结果 纳入符合标准的文献11篇,共计1995例,meta分析结果显示,mNGS检测肺标本诊断PTB的敏感度为70%(95% CI:58%~79%),特异度为99%(95%CI:98%~100%)、阳性似然比(PLR)为106.9(95%CI:31.1~366.6)、阴性似然比(NLR)为0.31(95%CI:0.21~0.43)、诊断比值比(DOR)为350(95%CI:81~1512)、曲线下面积(AUC)为0.97;mNGS检测支气管肺泡灌洗液(broncho alveolar lavage fluid,BALF)诊断PTB敏感度为71%(95%CI:55%~83%),特异度为99%(95%CI:97%~100%), PLR为76.4(95% CI:26.6~218.9),NLR为0.30(95% CI:0.18~0.48),DOR为258(95%CI:75~895)、AUC为0.99;mNGS检测肺组织诊断PTB敏感度为81%(95%CI:69%~89%),特异度为97%(95% CI:88%~99%),PLR为26.0(95%CI:6.6~102.4),NLR为0.19(95%CI:0.11~0.33),DOR为135(95% CI:29~639)、AUC为0.97。结论 mNGS诊断PTB具有较高的应用价值,尤其在痰菌阴性PTB的诊断价值更突出,可作为一种快速诊断PTB的辅助工具。