Genetic diagnosis strategy in children with intellectual disability/global developmental delay

doi:10.3969/j.issn.1004-583X.2021.09.011

Abstract

Abstract:

Objective To explore the diagnostic strategy of genetics in children with unexplained intellectual disability/global developmental delay(ID/GDD). Methods The peripheral blood samples of 65 children with ID/GDD were collected and sequenced with CNV-seq. The negative samples were detected with trio-WES. The characteristics of clinical phenotype between CNVs positive group and SNV positive group were compared. The samples were divided into single detection group (CNV-seq) and combined detection group (CNV-seq combined with trio-WES), and the statistical significance of positive rate between two groups was compared. Results There was significant difference in positive rate between combined test group and single test group, 44.6%(29/65) vs 33.8%(22/65), respectively. Conclusion The combined detection of CNV-seq and trio-WES may increase the positive rate.

Key words: developmental disabilities, chromatin, polymorphism, single nucleotide, exomes

CLC Number:

R749.93

Zhou Youfeng, Huang Yan, Liu Guanghua. Genetic diagnosis strategy in children with intellectual disability/global developmental delay[J]. Clinical Focus, 2021, 36(9): 820-823.

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URL: https://huicui.hebmu.edu.cn/EN/10.3969/j.issn.1004-583X.2021.09.011

https://huicui.hebmu.edu.cn/EN/Y2021/V36/I9/820

Figures/Tables 4

References 22

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编号	性别	染色体区带	起止位点	CNV大小 (mb)	类型	致病性	已知综合征
1	男	47,XXY(Xp22.33-Xq28×2)	-	整条染色体	重复	致病	Klinefelter综合征
2	男	15q11.2-q13.1	23614943~28598971	4.98	缺失	致病	Prader-Willi综合征
3	女	2q36.1-q36.3	222342719~227563583	5.22	缺失	可能致病	否
4	男	14q11.2	22150001~23000000	0.85	缺失	意义不明	否
5	女	14q11.2	22350001~23050000	0.7	缺失	意义不明	否
6	女	10q26.13-q26.3 11q24.2-q25	124660006~135410005 126167001~134917000	10.75 8.75	缺失重复	致病	10q.26缺失综合征
7	女	22q11.21-q11.21	18900001~21500004	2.6	缺失	致病	DiGeorge综合征
8	男	4q21.22-q21.3	83027280~86977280	3.95	缺失	致病	4q21缺失综合征
9	女	Xp22.33-p11.22 Xp11.22-q28	2700001~52980000 52980001~154920000	48.96 92.28	缺失嵌合重复	致病	X连锁鱼鳞病 Xp11.22智力障碍综合征
10	男	14q32.31-q32.33	102220001~107280000	5	缺失	可能致病	否
11	男	15q13.1-q13.3	28626624~32826623	4.2	缺失	致病	15q13.3缺失综合征
12	男	7p22.3-p21.2 9p24.3-9p23	60001~15610000 210001~13060000	15.5 12.85	重复缺失	致病	否 46, XY性别反转征
13	女	10q26.13-q26.3	127140001~135520000	8.04	缺失	致病	10q.26缺失综合征
14	男	17p11.2-p11.2	16741627~20451627	3.71	重复	致病	Potocki-Lupsk综合征
15	女	12p12.3-p12.3	16960002~18460001	1.5	重复	意义不明	否
16	男	13q32.2-q33.1	98943423~103188003	4.24	缺失	可能致病	否
17	男	22q11.21-q11.21	20713300~21641931	0.928	重复	可能致病	22q11.2微重复综合征
18	男	16p11.2-p11.2	29660001~30160000	0.5	重复	致病	16p11.2微重复综合征
19	女	18q21.32-q23	57220001~78000000	20.68	嵌合缺失	致病	否
20	男	7q11.23	72720001~75080000	1.48	缺失	致病	Williams-Beuren综合征
21	男	15q13.3-q13.3	32376624~33376623	1	缺失	致病	15q13.3缺失综合征
22	女	7q11.23	72200001~74160000	1.28	缺失	致病	Williams-Beuren综合征

编号	性别	染色体区带	起止位点	CNV大小 (mb)	类型	致病性	已知综合征
1	男	47,XXY(Xp22.33-Xq28×2)	-	整条染色体	重复	致病	Klinefelter综合征
2	男	15q11.2-q13.1	23614943~28598971	4.98	缺失	致病	Prader-Willi综合征
3	女	2q36.1-q36.3	222342719~227563583	5.22	缺失	可能致病	否
4	男	14q11.2	22150001~23000000	0.85	缺失	意义不明	否
5	女	14q11.2	22350001~23050000	0.7	缺失	意义不明	否
6	女	10q26.13-q26.3 11q24.2-q25	124660006~135410005 126167001~134917000	10.75 8.75	缺失重复	致病	10q.26缺失综合征
7	女	22q11.21-q11.21	18900001~21500004	2.6	缺失	致病	DiGeorge综合征
8	男	4q21.22-q21.3	83027280~86977280	3.95	缺失	致病	4q21缺失综合征
9	女	Xp22.33-p11.22 Xp11.22-q28	2700001~52980000 52980001~154920000	48.96 92.28	缺失嵌合重复	致病	X连锁鱼鳞病 Xp11.22智力障碍综合征
10	男	14q32.31-q32.33	102220001~107280000	5	缺失	可能致病	否
11	男	15q13.1-q13.3	28626624~32826623	4.2	缺失	致病	15q13.3缺失综合征
12	男	7p22.3-p21.2 9p24.3-9p23	60001~15610000 210001~13060000	15.5 12.85	重复缺失	致病	否 46, XY性别反转征
13	女	10q26.13-q26.3	127140001~135520000	8.04	缺失	致病	10q.26缺失综合征
14	男	17p11.2-p11.2	16741627~20451627	3.71	重复	致病	Potocki-Lupsk综合征
15	女	12p12.3-p12.3	16960002~18460001	1.5	重复	意义不明	否
16	男	13q32.2-q33.1	98943423~103188003	4.24	缺失	可能致病	否
17	男	22q11.21-q11.21	20713300~21641931	0.928	重复	可能致病	22q11.2微重复综合征
18	男	16p11.2-p11.2	29660001~30160000	0.5	重复	致病	16p11.2微重复综合征
19	女	18q21.32-q23	57220001~78000000	20.68	嵌合缺失	致病	否
20	男	7q11.23	72720001~75080000	1.48	缺失	致病	Williams-Beuren综合征
21	男	15q13.3-q13.3	32376624~33376623	1	缺失	致病	15q13.3缺失综合征
22	女	7q11.23	72200001~74160000	1.28	缺失	致病	Williams-Beuren综合征

编号	性别	变异基因 (染色体号)	变异位点	父母验证	关联疾病	遗传方式
23	男	LAMA1(18)	c.5960C>T(p.Thr1987Ile) c.1579G>A(p.Gly527Arg)	父杂合母杂合	Poretti-Boltshauser综合征	AR
24	女	WDR26(1)	c.1118G>A(p.Gly373Glu)	野生型	Skraban-Deardorff综合征	AD
25	女	POLG(15)	c.595G>T (p.Val199Leu)	野生型	进行性眼外肌麻痹伴线粒体DNA缺失	AD
26	女	GNPTAB(12)	c.3135+1(IVS15)G>A c.1247G>A(p.W416X)	父野生型母杂合	黏脂贮积症Ⅲα/β型	AR
27	男	WARS2(1)	c.859G>A(p.Val287Met) c.859G>A(p.Val287Met)	均杂合	线粒体相关的神经发育障碍	AR
28	男	EP300(22)	c.3934C>T(p.Arg1312Stop)	野生型	Rubinstein-Taybi综合征2型	AD
29	男	AHI1(6)	c.2567C>G(p.Thr856Ser) c.1858A>G(p.Asn620Asp)	父杂合母杂合	Joubert综合征3型	AR

编号	性别	变异基因 (染色体号)	变异位点	父母验证	关联疾病	遗传方式
23	男	LAMA1(18)	c.5960C>T(p.Thr1987Ile) c.1579G>A(p.Gly527Arg)	父杂合母杂合	Poretti-Boltshauser综合征	AR
24	女	WDR26(1)	c.1118G>A(p.Gly373Glu)	野生型	Skraban-Deardorff综合征	AD
25	女	POLG(15)	c.595G>T (p.Val199Leu)	野生型	进行性眼外肌麻痹伴线粒体DNA缺失	AD
26	女	GNPTAB(12)	c.3135+1(IVS15)G>A c.1247G>A(p.W416X)	父野生型母杂合	黏脂贮积症Ⅲα/β型	AR
27	男	WARS2(1)	c.859G>A(p.Val287Met) c.859G>A(p.Val287Met)	均杂合	线粒体相关的神经发育障碍	AR
28	男	EP300(22)	c.3934C>T(p.Arg1312Stop)	野生型	Rubinstein-Taybi综合征2型	AD
29	男	AHI1(6)	c.2567C>G(p.Thr856Ser) c.1858A>G(p.Asn620Asp)	父杂合母杂合	Joubert综合征3型	AR

检测结果	例数	ID/GDD	ID/GDD伴异常表型
CNV阳性	22	4(18.2)	18(81.8)
SNV阳性	7	3(42.9)	4(57.1)